Ο σχεδιασμός της κατασκευής του Νέου Μουσείου έλαβε υπόψη του – και συνδύασε με εξαιρετικό τρόπο – τον υποκείμενο αρχαιολογικό χώρο, ένα σημείο, όπου αποκαλύφθηκε ένα σημαντικό κομμάτι της αρχαίας Αθήνας, με πολλές οικοδομικές φάσεις και χιλιάδες ευρήματα που φωτίζουν την καθημερινότητα αλλά και τις περιπέτειες του τόπου κάτω από τη σκιά της Ακρόπολης. Η ανάδειξη της ανασκαφής και το στήσιμο του δικού της μουσείου προβλεπόταν να έχει ολοκληρωθεί εντός του 2010, δυστυχώς, όμως, για γενικότερους λόγους, η προετοιμασία του χώρου για την πρόσβασή του από τους φιλάρχαιους επισκέπτες έχει χαρακτηριστικά καθυστερήσει, οπότε αυτοί θα πρέπει για άγνωστο πόσο χρόνο ακόμη να αρκούνται στη θέαση της ανασκαφής από τα ανοίγματα και τα γυάλινα δάπεδα του ισογείου.
Η προ της κατασκευής του Μουσείου ανασκαφή του χώρου αυτού έφερε στο φως τμήματα του οικιστικού ιστού της αρχαίας Αθήνας και κατέδειξε τη σχεδόν συνεχή χρήση του από το τέλος της νεολιθικής εποχής (περί το 3.000 π.Χ.) έως την ύστερη αρχαιότητα (6ος αι. μ.Χ.) αλλά και αργότερα. Εννοείται ότι η παρούσα εικόνα αποδίδει ως επί το πλείστον τα απομεινάρια της τελευταίας οικοδομικής φάσης. Η εν λόγω ανασκαφή αποκάλυψε επίσης σπίτια και εργαστήρια, δρόμους και πλατείες, λουτρά και χώρους εστίασης, την εικονιζόμενου στρογγυλή βάση ενός πύργου, πηγάδια και δεξαμενές αλλά και χιλιάδες αντικείμενα που άφησαν πίσω τους οι αρχαίοι κάτοικοι της περιοχής. Τα περισσότερα είναι πήλινα, αφού άλλα από φθαρτά υλικά χάθηκαν και τα πολύτιμα λεηλατήθηκαν. Είναι επιτραπέζια σκεύη και αγγεία συμποσίου, μαγειρικά σκεύη, αρωματοδοχεία, σκεύη για καλλυντικά και κοσμήματα, παιδικά παιχνίδια και άλλα. Όλα αυτά εκτίθενται στο ήμισυ του δεξιού τμήματος του ισόγειου επικλινούς εκθεσιακού χώρου του Μουσείου. Υπόψη ότι η εν λόγω ανηφορική κλίση του ισογείου αυτού χώρου σχεδιάστηκε σκόπιμα με αυτό τον τρόπο για να παραπέμπει συνειρμικά στην ανάβαση προς τον Ιερό Βράχο!
